BigWig est un format de fichier pour l'affichage de données denses et continues dans une piste de navigateur de génome, créé par conversion à partir du format Wiggle (WIG). Le format BigWig est décrit sur le site Web de l'UCSC Genome Bioinformatics et le guide de format de fichier du Broad Institute fournit des informations supplémentaires.
Qu'est-ce que le format bigWig ?
Le format bigWig est pour l'affichage de données denses et continues qui seront affichées sous forme de graphique Les fichiers BigWig sont initialement créés à partir de fichiers de type WIG, à l'aide du programme UCSC wigToBigWig. Alternativement, les fichiers bigWig peuvent être créés à partir de fichiers bedGraph, en utilisant le programme UCSC bedGraphToBigWig.
Comment utiliser le fichier bigWig ?
Déplacez le fichier bigWig nouvellement créé (myBigWig.bw) vers un emplacement http, https ou ftp accessible sur le Web. Collez l'URL dans le formulaire d'entrée de piste personnalisée ou créez une piste personnalisée à l'aide d'une seule ligne de piste. Collez la ligne de piste personnalisée dans la zone de texte de la page de gestion des pistes personnalisées.
Qu'est-ce qu'une piste bigWig ?
bigWig Tracks sont tracks pour les signaux continus sur l'ensemble du génome. Ils conviennent à l'affichage de divers résultats d'expériences "bruts" tels que les signaux ChIP-Seq, les signaux RNA-Seq, etc.
Comment créer un fichier bigWig ?
Il existe plusieurs façons de générer des fichiers Bigwig. Cela implique généralement la conversion d'un fichier. bam en une piste wiggle (. wig), puis en convertissant la piste wiggle en un bigwig binaire (.
